Facilities & Resources
Facilities
生物和Oceanographic科学系设在里德医学院 大楼，尼尔姆斯大楼，还有 Oceanographic科学研究所. 还有 生命科学博物馆 其中包括令人印象深刻的标本收藏.
全球网络赌博平台的Facilities有一个工作湿实验室与曝气系统，水族馆维护 Oceanographic和淡水生物，一种专门养殖淡水鱼的水产养殖化合物 水产养殖，以及各种分光光度计，离心机，培养箱和显微镜 for the use of students and faculty in laboratory and research settings.
全球网络赌博平台新装修的解剖 & 生理学实验室允许学生参与 动手探索使用解剖模型，仿真软件，包括游标 生理工具和标本. 新增功能包括新设计的空气控制 系统和存储解决方案. 利用这些空间，学生有机会 探索身体从细胞层面到整个有机体，不断收获 对系统如何协同工作的理解.
We have the capacity to teach students how to culture mammalian cells, amplify DNA 使用聚合酶链反应，使用荧光显微镜计数细胞和 view subcellular structures, and measure antibodies and antigens via ELISA assays.
Shimadzu AXIMA Performance MALDI TOF/TOF mass spectrometer
由佛罗里达州政府通过圣. 约翰斯河倡议
MALDI质谱仪可以分析各种分子(毒素、 碳水化合物、聚合物、代谢物、寡核苷酸、蛋白质、多肽、细菌、 等.) that are pure as well as in complex mixtures, including 环境al samples 用最少的样品制备.
How MALDI-TOF MS works: Analytes are crystallized in a matrix and then loaded into 仪器. After 仪器 obtains a high vacuum, the researcher shoots the sample with laser pulses, releasing the analytes into the gas phase as ions. An 施加电场，加速分子离子的运动 一个真空管，并在末端撞击一个探测器. 离子移动所需的时间 the vacuum tube and strike the detector is dependent on its mass and charge. 由此产生的 data are used in a variety of ways, depending on the application. TOF/TOF特性 允许对分析物进行MS/MS分析，这是一种串联质谱技术 仪器中的分子与氦原子破碎，提供结构 信息.
AXIMA-iDPlus:全球网络赌博平台的MALDI-TOF/TOF质谱仪配置并结合 SARAMIS软件和数据库，以识别各种细菌，酵母，霉菌， 和孢子. This technique relies on producing mass “fingerprints” of the microorganism 并将其与广泛的数据库进行比较.
仪器特点:
- Mass range 1-80kDa in reflectron mode; 1-500kDa in linear mode
- Mass range 1-500kDa in linear mode; 1-80kDa in reflectron mode
- Mass resolution 20000 FWHM in reflectron mode; 5000 FWHM in linear mode
- Mass accuracy <5ppm in reflectron mode
- 灵敏度250 amol在反射模式
- High energy MS/MS using helium collision gas to fragment molecules
- 分子的结构信息
- 氨基酸序列可以从多肽中获得
- 基于MASCOT数据库搜索集成的肽质指纹图谱蛋白质识别
- SARAMIS software and database for microorganism identification
学生和教师使用该仪器来识别和表征蛋白质、毒素、 and bacteria by analyzing intact proteins, peptides from digested proteins, algal toxins from local waters, and bacteria from local waters and oysters.
观看两个视频 of how some of our students have used the mass spectrometer which were filmed at 科学上的St. Johns community event at the JU Oceanographic科学研究所:
Bio-Rad CFX96触摸实时PCR仪
Funded by the State of Florida through the JU EPIC program
Bio-Rad CFX96仪器用于进行聚合酶链反应(PCR); which is a molecular biology technique that copies and amplifies specific targets DNA的. The real-time feature means that the concentrations of specific genes can 在反应发生时(实时)进行监测的能力。.
实时PCR是如何工作的:
聚合酶链反应使用DNA复制酶(Taq聚合酶)进行合成 目标DNA的拷贝. This technique is the basis for DNA analysis of crime scenes 嫌疑是，从生物材料(血液)中扩增出短串联重复序列， 唾液、精液等.)，并对所得数据进行比较. Real-time PCR 当增加量时，加入引起荧光增加的分子 DNA的一部分被复制.
仪器特点:
- 十个数量级的动态范围
- 熔化曲线分析
- 热梯度
- Three targets with different fluorophores can be analyzed simultaneously
- 需要96孔板，个别管，或条
学生和教师使用该仪器来分析人类的Alu重复序列，以识别 细菌，比如 霍乱弧菌 (causes cholera) and Staphylococcus aureus (causes staph infections), and perform conventional (dark) PCR with subsequent analysis via agarose gel electrophoresis. 学生项目可以涵盖一系列目标DNA.
FlowCam 8400
由一位匿名捐赠者捐赠
The FlowCam 8400 is a dynamic particle imaging and analysis system, which combines 流式细胞仪和显微相机具有计算机识别，计数， 以及生物测量能力.
仪器特点:
- 计数，捕获和保存粒子的图像
- Quickly (6 minutes) processes a 1 mL sample <100 µm particulates
- 测量和收集大小、形状、荧光和浓度统计信息(通常是 最多10000张/分钟)
- Identifies and characterizes organisms based on fluorescence
- Calculates biovolumes, concentrations, and community size distributions
- Sorts, filters, and classifies organisms with semi-automated imaging software
学生和教师可以使用FlowCam成像颗粒，范围从3um到1mm in size, from both aquatic and sedimentary field samples. 图像及其伴随 数据可用于有害藻华监测、幼虫种群等目的 生态学研究，微塑料计数，重建历史天气和洋流 patterns (through analysis of sediment core particulates), and identifying cryptic 当与荧光探针一起使用时，物种. FlowCam也可以 用于受控的实验室实验，以监测生长速率和确定存活率 各参数下的阈值.
Biotage SP1闪光色谱仪
博士捐赠. 拉里·萨顿
Biotage SP1是一种闪光液相色谱系统，可以净化有机化合物 以加速的方式.
本仪器特点:
- 基于窗口的LCD触摸屏界面
- 溶剂和废物监测
- 可变波长探测器(200 ~ 320nm)
学生和教师可以使用Biotage SP1快速色谱仪进行分离 以及有机化合物、铁载体、抗生素等化学物质的提纯 化合物.
Bio-Rad iMark微孔板吸光度仪
Funded by the State of Florida through the JU EPIC program
仪器特点:
- 400 nm – 750 nm wavelength range; dual wavelength readings
- 需要96孔板或条
- 动力学分析
- 内置振动器
Students and faculty can use this instrument for ELISA analysis, bacterial growth curves, protein assays, enzyme assays for kinetics, and more.
SpectraMax Plus 385微孔板阅读器
博士捐赠. 拉里·萨顿
The SpectraMax plus can run as both a standard spectrophotometer and a microplate 读者.
本仪器特点:
- Reads one sample or up to 384 reads in a single microplate.
- 温度控制和震动能力
- 动态测量
- 核酸和蛋白质定量
Students and faculty can use the SpectraMax Plus 384 microplate 读者 for ELISA, Nucleic Acid quantitation, enzyme assays, protein quantitation, bacterial growth, 抗生素化验等等.
GE AKTA启动蛋白纯化系统
博士捐赠. 拉里·萨顿
AKTA蛋白纯化系统是一种快速蛋白液相色谱系统 (FPLC).
本仪器特点:
- 触摸屏显示，实时监控
- Quick start methods and templates for common purification techniques
- 运行在手动或自动模式
- 分数集合
- UNICORN控制软件
Students and faculty can use the FPLC to analyze and purify proteins.
输入L1
博士捐赠. 拉里·萨顿
输入L1是一种PAGE凝胶染色系统.
本仪器特点
- 灵敏度≤12.5 ng蛋白质
- 10分钟内清除污渍
教师和学生都可以使用该网站.对两种PAGE蛋白凝胶进行染色
生物安全柜
Funded by the State of Florida through the JU EPIC program
微生物生物安全柜用于学生和教师在无菌环境中工作 环境. Uses include handling bacteria, including pathogens, and preparing samples 用于PCR分析.
徕卡DM IRB倒置荧光显微镜
由国家科学基金会资助
学生和教师已经使用这种显微镜来检测细胞中的特定蛋白质 using immuno-labeling, follow macrophage activity, determine and quantify live and dead bacteria, and visualize photosynthetic cells and subcellular components.
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Oceanographic设备
RBRduo3 CTDO2 (Conductivity, Temperature, Depths, Dissolved Oxygen) sensor
A CTD is one of the most common instruments in Physical Oceanography that measures
温度和盐度如何随深度变化.
仪器特点:
- 240M读数标准采样高达1Hz
- 采样频率高达32Hz
- USB-C下载
- 实时通信
- 捻激活
- wi - fi准备好了
学生和教师可以在船舷、码头或停泊处使用CTD， 为了估计由密度变化引起的水密度和洋流， chemical and biological processes, find areas of upwelling and sediment movement, 计算声速并发现可能影响鱼类数量的低氧区域.
探路者DVL声学多普勒电流分析器(ADCP)
ADCP是通过使用声波ping来测量水的运动.
声音由仪器发出，在水中传播，并在水中散射
被悬浮粒子反射回来. 由此引起的声波变化，
allows us to calculate the speed with which the water is moving.
仪器特点:
- Small size and weight allows the pathfinder to be installed on board the smallest 车辆或小型浮动平台.
- 相控阵:独特的相控阵传感器设计提供了更高的位置精度 at a reduced size, eliminates the need for speed of sound correction, and reduces 对生物污染的易感性.
- 灵活的设计:独立或远程头选项，可满足您的独特
车辆的需求.
分析能力. - Ethernet Compatible: Plug-n-play with today’s interfaces.
- 扩展范围:新的可选XRT(扩展范围跟踪)提供高达60%的增长 在底部跟踪范围内
Students and faculty can use the ADCP to measure the flow of the St. 约翰河和 以及水流在一天中不同时间、不同地区的变化， 在不同的条件下.
水族馆的Facilities
The Oceanographic科学研究所 houses the wetlab complete with aquarium and 用于淡水和海水项目的养殖水箱.
照片:Francisco Ortiz
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船只
The Oceanographic科学研究所 and Department of 生物学 and Oceanographic科学 是否有一些船只可供学生使用. 它们包括:
新! 北佛罗里达海事协会捐赠的乔恩船
18 ft. 平底船
17 ft. 尖吻鲭鲨乱跑
RV海豚，25英尺. 波士顿的捕鲸船
海上，31英尺. 喷泉
RV 拉金, 48英尺. 浮动教室浮船
For daily rates, please contact Director of the MSRI, Dr. 怀特: qwhite@pulounge.com.
Resources
在JU学术研究中心进行研究
OCEARCH is a nonprofit with a focus on generating critical scientific data related 追踪(或遥测)和主要Oceanographic物种的生物学研究，包括 大白鲨和虎鲨，同时在该地区继续努力 of conservation and education, all on a measurable yet global scale. OCEARCH股票 real-time scientific data through its Global Shark Tracker and leverages that data 让学生参与互动课程计划，激励下一代 探险家、科学家和Oceanographic的管理者.
Oceanographic观测倡议
美国国家科学基金会的Oceanographic观测倡议(OOI)已经建成 一个持续的Oceanographic测量网络，用来研究气候变化、Oceanographic环流、 生态系统动力学、海气交换、海底过程和板块尺度地球动力学. 该项目还投资通过一系列节目向公众提供这些数据 基于网络的软件工具，将数据驱动的活动与实时数据连接起来 由OOI收集.
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